东汉末年，朝政腐败，统治黑暗，苛捐杂税，弄得民不聊生，社会危机日益深重，广大农民与豪强地主及封建国家的矛盾激化，有太平道首领张角，自称“大贤良师”，以传道和治病为名，在农民中宣扬教义，进行秘密活动，发展大量教众后揭竿而起，组织黄巾军起义，继而群雄并起，自此天下打乱，百姓生活更水深火热。于是，天降医仙华佗于民间，为百姓施药行医，救命于水火。
华佗，字元化，大约在汉永嘉元年（公元145年）出生于沛国谯（今安徽亳州市谯城区）一个普通家庭。华佗生活的时代，是东汉末年三国初期。他青少年时期，正值东汉桓帝、灵帝之际，外戚宦官交替专权，朝纲不正，政出私门，卖官鬻爵，贿赂公行。对百姓敲骨吸髓，疯狂榨取，人民陷入了深重的苦难之中。那时，军阀混战，水旱成灾，疫病流行。华佗目睹官场之腐败和苍生之苦难，决心弃绝仕途，以医济世。当时朝廷中的一些有识之士，对华佗的品行、学识很为赏识，太尉黄琬要征辟他为官，华佗谢绝了；沛相也荐举华佗为孝廉，对此他也婉言谢绝了。足见华佗志向的坚定和品德的高尚。他不求名利，不慕富贵，立志发奋学医，天赋异禀，集中精力于医药的研究上，以期所学医术来救民于水火。经过一番勤奋学习钻研，他精通内、妇、儿、针灸各科，尤其擅长外科。他曾用“麻沸散”麻醉病人后再实行剖腹手术，是世界医学史上最早应用全身麻醉进行手术治疗的医学家。
华佗因学医而深懂养生的方法，他对养生和预防保健尤为注重，并身体力行，编创一套“五禽戏”，仿鹿、熊、虎、猿、鸟的动作，时常操练，以强身除病。当时的人们认为他年龄将近一百岁，可外表看上去还象青壮年的容貌。他精通医方医药，他治病时，配制汤药不过用几味药，心里明了药物的分量、比例，用不著再称量，把药煮熟就让病人服饮，告诉病人服药的禁忌及注意事项，他离开后，病就痊愈了。如果需要灸疗，也不过一两个穴位，每个穴位不过烧灸七、八根艾条，病痛就应手消除。如果需要针疗，也不过扎一两个穴位，下针时对病人说：“针刺感应应当延伸到某处，如果到了，告诉我。”当病人说“已经到了”，应声便起针，病痛很快就痊愈了。如果病患集结郁积在体内，扎针吃药的疗效都不能奏效，应须剖开割去的，就饮服他配制的“麻沸散”，一会儿病人便如醉死一样，毫无知觉，于是开刀后取出结积物。病患如果在肠中，就割除肠子患病部位，清洗伤口及感染部位，缝合刀口用药膏敷上，四五天后，病好了，不再疼痛，病人自己也不觉得，一个月之内，伤口便愈合复原了。当时民间广泛流传着他到军营中为中了毒箭的忠义将军关羽“割骨疗伤”的故事，可见华佗医术之精湛。他曾把自己丰富的医疗经验整理成一部医学著作，惜没能流传下来。
当时群雄争霸天下，奸雄曹操为头痛病所苦，每当发作，就心情烦乱，眼睛眩晕。他听说华佗医术高明胜神仙，而召唤华佗常守在他身边为他治病，华佗应召诊视后，在曹操胸椎部的膈俞穴进针，片刻便脑清目明，疼痛立止。曹操十分高兴。以后每当曹操头疼病发作，华佗只要针刺膈俞穴，应手而愈。华佗却如实相告：“您的病，乃脑部痼疾，近期难于根除，须长期攻治，逐步缓解，以求延长寿命。”曹操听后，以为华佗故弄玄虚，因而心中不悦，只是未形于色。公元208年，曹操操纵朝政，自任丞相，总揽军政大权，遂要华佗尽弃旁务，长留府中，专做他的侍医。因华佗个性清高，过惯闲云野鹤般的民间自由生活，被曹操征在身边党、当保健医生后，很是厌烦拘束枯燥的军营生活，且长期远离家乡，思乡之情日浓，故找个借口跟曹操请假说：“我刚收到家中来信，要回家看看去。”到家后，重获自由生活的他，实在不愿再回到曹操军营中受其束缚，因此总推托妻子有病，多次请求延长假期不回去。曹操多次用书信召唤不至，又下诏令郡县征发遣送。华佗厌恶吃侍候人的饭，还是找借口推脱而不上路。曹操对其多次征召不至的做法非常生气，也开始怀疑华佗是故意找借口不去为他看病。因此他派人前往调查，命令调查人员看看如果他妻子确实生病，就赐赠四十斛小豆，放宽假期；如果他弄虚作假欺骗他，就抓捕他。调查人员去华佗家乡一了解，发现华佗确实是有意推脱不就，即把华佗递解交付许昌监狱，拷问服罪。谋士荀彧向曹操求情说：“华佗的医术确实高明，关系著人的生命，应该包涵宽容他。”被欺骗而恼羞成怒的曹操却说：“不用担忧，天下会没有这种人吗？”最终于公元208年，将华佗处极刑。
据说华佗临走前，曾拿出一卷医书想交给狱吏，说：“这书可以用来治病救活人。”狱吏害怕受他牵连而不敢接受，华佗也不勉强，讨取火来把书烧掉了。可惜一部可以用来治病救人的宝典就这样堙没了。
《后汉书·华佗传》记载华佗“兼通数经，晓养性之术”，尤其“精于方药”，“年且百岁，而犹有壮容，时人以为仙”。也有传说他寿至一百五六十岁仍保持着六十多岁的容貌，而且是鹤发童颜的记载。因为他一生无意仕途，自由自在，常行走于民间为百姓治病，每次都妙手回春、药到病除，故人们也尊称他为“医仙”。华佗被曹操所害后，其医学专著未能流传下来，但他的医学精神却一直流传下来了，他的一些医学方法仍继续流传于民间造福百姓。后人为纪念华佗这位一心帮老百姓治病救人的医仙，很多地方专门建庙供祀。今江苏沛县有华祖庙，庙中的一副对联，给华佗的一生作了很恰当的总结：
医者刳腹，实别开岐圣门庭，谁知狱吏庸才，致使遗书归一炬；
士贵洁身，岂屑侍奸雄左右，独憾史臣曲笔，反将厌事谤千秋。
华佗升仙后，受玉帝委派下凡辅助何野云仙师普度济世，任副先锋之职。